Dans un hypothétique futur, la société propose aux parents de sélectionner les foetus qui seront les plus aptes à vivre. Vincent (Ethan Hawke), un des derniers nés de manière naturelle, rêve de voyager dans l'espace. Cependant, son potentiel génétique (défaillances cardiaques et espérance de vie de 30 ans) lui interdit l'entrée à Gattaca, une firme aérospatiale, dont les critères sont draconniens. Mais un jour, Jérôme, génétiquement parfait mais handicapé à la suite d'un accident, lui propose d'échanger leur vie, moyennant finances. Vincent entre alors à Gattaca, où il va devoir échapper aux contrôles génétiques quotidiens. Jusqu'au jour où le directeur de la mission pour Titan, dont Vincent fait partie, est assassiné. Les inspecteurs chargés de l'enquête découvrent un des ses cils. Persuadés que le détenteur de ce cil ne peut être que le meurtrier, ils vont mettre en place de nouveaux tests, redoubler de vigilance pour démasquer l'imposteur. Vincent va-t-il leur échapper ?
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