The Second renaissance – 1ère et 2ème parties : La guerre entre hommes et machines, la genèse de la Matrice, et la chute de l'Humanité.

Program : Au coeur d'un programme de simulation, un soldat de Zion doit choisir entre l'amour et ses camarades du monde réel.

Kid's story : Un jeune lycéen est invité par Neo à tenter d'échapper à la Matrice. Il doit trouver une sortie...

World record : Utilisant sa puissance et son endurance, un sprinter parvient à sortir de la Matrice, et à entrevoir le monde réel qu'elle dissimule.

Beyond : Dans une petite ville tranquille, Yoko découvre un bug de la Matrice, représenté par un manoir abandonné où tout semble possible. Mais les exterminateurs débarquent, pour débuger le système.

Matriculated : Un petit groupe de rebelles parvient à capturer une "sentinelle" et à reprogrammer le robot afin qu'il oeuvre pour la cause humaine...

Detective story : Un détective privé est engagé pour traquer la cyber-criminelle Trinity.

The Final flight of the Osiris : L'équipage de l'Osiris doit ramener un message vital vers la cité rebelle de Zion. Les sentinelles sont sur leur trace...