Sortie en même temps que la version classique de Matrix, la version limité apporte un packaging innovant. Les lettres "MATRIX" sont écrites en lettre "d'argent". L'ouverture du coffret s'ouvre en son centre. Le coffret ouvert dévoile la photo d'une des scènes les plus impressionnantes avec un morceau de pellicule. Des photos, un poster de l'affiche du film, le morceau de pellicule (et son support) et bien sûr le DVD et son boîtier (identique à la version classique) : le premier coffret à offrir un contenu si riche.